Khalid Sheikh Mohammad, acusado de pertencer à Al-Qaeda, foi capturado no Paquistão em 2003 e transferido para a base americana de Guantánamo em 2006.

As tentativas de processar ele e o restante do grupo foram marcadas por atrasos, sendo adiadas em mais de uma ocasião.

Em uma das tentativas de julgá-lo perante um tribunal militar em 2008, Mohammad disse que pretendia se declarar culpado e aceitaria o "martírio".

Em 2009, o governo Barack Obama, que havia prometido fechar Guantánamo, tentou transferir o julgamento para Nova York, mas revogou sua decisão em 2011, após forte reação da oposição no Congresso.

Os cinco suspeitos acabaram sendo acusados formalmente ​​em junho de 2011 por crimes semelhantes aos que haviam sido imputados inicialmente ​​a eles durante a gestão de George W. Bush.

O Pentágono, que é a Secretaria de Defesa dos EUA, informou que Mohammad admitiu ser responsável "de A a Z" pelos ataques de 11 de Setembro.

O relatório oficial dos atentados descreve o suspeito como o "arquiteto", ou seja, um dos mentores do plano.

Os promotores dos EUA alegam que ele esteve envolvido em uma série de outras atividades "terroristas" - entre elas, o atentado a bomba em uma casa noturna de Bali, na Indonésia, em 2002; a explosão de um carro-bomba no World Trade Center, em Nova York, em 1993; o assassinato do jornalista americano Daniel Pearl, sequestrado e degolado no Paquistão em 2002; e a tentativa fracassada de derrubar um avião com explosivos escondidos no sapato de um passageiro em 2001.

Nascido no Kuwait, de origem paquistanesa, Mohammed se formou nos EUA e viajou pouco depois para o Afeganistão, onde teria encontrado Osama bin Laden pela primeira vez durante manobras contra os soviéticos.

Os advogados do grupo estão tentando proibir o uso no tribunal das confissões que os réus fizeram ao FBI, a polícia federal americana, em 2006.

Eles argumentam que as confissões não podem ser usadas ​​no julgamento devido a excessos nos interrogatórios a que os acusados foram submetidos.

Khalid Sheikh Mohammed, por exemplo, afirmou ter sido torturado repetidas vezes.

Documentos da CIA, serviço de inteligência dos EUA, confirmam que ele foi submetido a até 183 sessões de afogamentos simulados.

A técnica de tortura, conhecida como "waterboarding", consiste em imobilizar o indivíduo em uma prancha, cobrir seu rosto com um pano e, na sequência, derramar água sobre sua boca e nariz, gerando sensação de afogamento.

Os outros quatro suspeitos - Walid bin Attash, Ramzi bin al-Shibh, Ammar al-Baluchi e Mustafa al-Hawsawi - também foram interrogados pela CIA em uma rede de centros de detenção no exterior.

Os prisioneiros eram levados para esses centros, conhecidos como "locais negros", antes de serem entregues ao Exército dos EUA.

Pouco depois dos ataques de 11 de Setembro, a CIA teria recorrido a métodos controversos de interrogatório, como parte da chamada "guerra contra o terror" do ex-presidente George W. Bush. Entre as técnicas usadas estariam privação do sono, tapas no rosto, exposição dos prisioneiros a baixas temperaturas, além da simulação de afogamento.